COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 21.474255 21.474255 20.295839
2021-03-26 17:00:00 21.594346 21.594346 20.363854
2021-03-25 17:00:00 20.219717 20.219717 20.376695
2021-03-24 17:00:00 18.459175 18.459175 20.345645
2021-03-23 17:00:00 18.389306 18.389306 20.278506
2021-03-22 17:00:00 6.994802 20.398346 20.288128
2021-03-21 17:00:00 21.410895 21.410895 20.303411

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 20.689655 20.689655 18.392392
2021-03-26 17:00:00 23.444976 23.444976 18.585666
2021-03-25 17:00:00 13.790036 13.790036 18.542914
2021-03-24 17:00:00 14.193270 14.193270 18.394383
2021-03-23 17:00:00 12.344058 22.225870 18.088213
2021-03-22 17:00:00 21.990741 17.754992 18.063373
2021-03-21 17:00:00 18.318630 18.318630 17.740853

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 19.444444 23.050260 20.765184
2021-03-26 17:00:00 21.568627 21.568627 20.423403
2021-03-25 17:00:00 18.563923 18.563923 20.173152
2021-03-24 17:00:00 19.965278 19.965278 19.922524
2021-03-23 17:00:00 20.934256 20.934256 19.999078
2021-03-22 17:00:00 11.111111 19.267516 19.805959
2021-03-21 17:00:00 19.459459 19.459459 19.662956

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 16.461439 16.461439 13.980641
2021-03-26 17:00:00 14.486639 14.486639 13.965445
2021-03-25 17:00:00 15.243902 15.243902 13.881247
2021-03-24 17:00:00 12.219618 12.219618 13.516148
2021-03-23 17:00:00 10.837607 10.837607 13.335804
2021-03-22 17:00:00 9.208973 12.859097 13.202417
2021-03-21 17:00:00 16.043614 16.043614 13.125434

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 14.332987 14.332987 14.399949
2021-03-26 17:00:00 14.734373 14.734373 14.340655
2021-03-25 17:00:00 14.241443 14.241443 14.323537
2021-03-24 17:00:00 12.158145 12.158145 14.600191
2021-03-23 17:00:00 15.001611 15.001611 14.839564
2021-03-22 17:00:00 36.799327 15.124621 14.897528
2021-03-21 17:00:00 15.847999 15.847999 15.150317

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 47.211819 47.211819 47.627084
2021-03-26 17:00:00 50.474984 50.474984 48.154094
2021-03-25 17:00:00 41.582965 41.582965 47.718309
2021-03-24 17:00:00 35.545024 35.545024 46.856729
2021-03-23 17:00:00 42.706360 60.257104 46.604242
2021-03-22 17:00:00 68.699319 68.699319 47.156693
2021-03-21 17:00:00 48.170012 48.170012 46.525897

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 17.948718 17.948718 19.144721
2021-03-26 17:00:00 22.390671 22.390671 19.262383
2021-03-25 17:00:00 22.905332 22.905332 19.554822
2021-03-24 17:00:00 18.207885 18.207885 19.683169
2021-03-23 17:00:00 18.079842 18.079842 19.865127
2021-03-22 17:00:00 29.347826 11.017410 20.096653
2021-03-21 17:00:00 20.554765 20.554765 20.197773

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 9.370507 9.370507 8.522786
2021-03-26 17:00:00 9.362457 9.362457 8.602411
2021-03-25 17:00:00 9.543048 9.543048 8.607112
2021-03-24 17:00:00 8.152848 8.152848 8.556683
2021-03-23 17:00:00 8.670117 7.078932 8.477130
2021-03-22 17:00:00 16.458065 6.712146 8.402129
2021-03-21 17:00:00 9.871717 8.512760 8.372286

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 19.578090 19.578090 16.102908
2021-03-26 17:00:00 17.838828 17.838828 15.889309
2021-03-25 17:00:00 16.233980 18.115145 15.490141
2021-03-24 17:00:00 15.671642 15.671642 15.099452
2021-03-23 17:00:00 13.215859 13.215859 14.801234
2021-03-22 17:00:00 21.319797 10.792952 14.361349
2021-03-21 17:00:00 17.949929 14.006635 14.016574

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 36.180458 36.180458 34.186166
2021-03-26 17:00:00 36.493675 36.493675 33.854073
2021-03-25 17:00:00 35.668340 35.668340 33.637778
2021-03-24 17:00:00 32.714493 32.714493 33.447551
2021-03-23 17:00:00 31.894589 31.894589 33.445897
2021-03-22 17:00:00 31.315085 33.261723 33.271388
2021-03-21 17:00:00 31.689360 31.689360 33.177970

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 22.650376 22.650376 19.426881
2021-03-26 17:00:00 22.579564 22.579564 19.591454
2021-03-25 17:00:00 19.639469 19.639469 19.775547
2021-03-24 17:00:00 19.446154 19.446154 20.055235
2021-03-23 17:00:00 15.237020 15.237020 19.952718
2021-03-22 17:00:00 31.812725 8.302005 20.177242
2021-03-21 17:00:00 24.196336 24.196336 20.161823

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 11.191336 5.012126 5.637373
2021-03-26 17:00:00 7.181572 7.181572 5.805784
2021-03-25 17:00:00 3.312303 3.312303 6.298769
2021-03-24 17:00:00 4.809287 4.809287 6.555572
2021-03-23 17:00:00 6.413302 6.413302 6.633366
2021-03-22 17:00:00 9.729730 3.180212 6.593394
2021-03-21 17:00:00 8.131241 8.131241 6.667402

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 5.892857 5.892857 10.264247
2021-03-26 17:00:00 10.691824 10.691824 11.099118
2021-03-25 17:00:00 8.493490 8.493490 12.197935
2021-03-24 17:00:00 9.660107 9.660107 13.452499
2021-03-23 17:00:00 7.884923 7.884923 15.116621
2021-03-22 17:00:00 0.024095 39.481268 17.029506
2021-03-21 17:00:00 43.930636 43.930636 19.185076

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 54.020101 54.020101 54.959080
2021-03-26 17:00:00 55.737705 55.737705 55.059149
2021-03-25 17:00:00 67.816092 67.816092 55.809078
2021-03-24 17:00:00 63.900415 63.900415 56.844580
2021-03-23 17:00:00 46.246973 46.246973 56.359111
2021-03-22 17:00:00 25.559105 25.559105 57.090825
2021-03-21 17:00:00 51.839465 51.839465 57.636810

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 26.439318 26.439318 24.554223
2021-03-26 17:00:00 26.436064 26.436064 24.119678
2021-03-25 17:00:00 24.333239 24.333239 24.028751
2021-03-24 17:00:00 28.930245 28.930245 23.884226
2021-03-23 17:00:00 22.296066 22.296066 23.530047
2021-03-22 17:00:00 31.694103 16.303998 23.146781
2021-03-21 17:00:00 28.923026 28.923026 22.957582

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 41.607957 41.607957 36.458500
2021-03-26 17:00:00 39.452555 39.452555 35.730123
2021-03-25 17:00:00 39.901865 39.901865 35.752458
2021-03-24 17:00:00 29.163823 29.163823 34.848757
2021-03-23 17:00:00 21.181263 30.546122 34.155176
2021-03-22 17:00:00 39.867737 32.022161 33.499863
2021-03-21 17:00:00 48.342714 48.342714 32.809030

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 12.424242 7.294372 7.407782
2021-03-26 17:00:00 8.356808 8.356808 7.271686
2021-03-25 17:00:00 7.104377 9.313617 7.183267
2021-03-24 17:00:00 6.137184 6.137184 6.985736
2021-03-23 17:00:00 7.542694 7.542694 6.723235
2021-03-22 17:00:00 12.096168 7.242465 6.461256
2021-03-21 17:00:00 7.625650 7.625650 6.292586

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 15.589420 15.589420 14.225317
2021-03-26 17:00:00 13.397417 15.624453 14.171338
2021-03-25 17:00:00 13.695486 15.459021 14.062885
2021-03-24 17:00:00 12.807634 12.807634 13.962330
2021-03-23 17:00:00 13.441919 13.441919 13.846279
2021-03-22 17:00:00 14.942787 11.665791 13.697760
2021-03-21 17:00:00 13.904913 13.904913 13.640802

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 13.498344 13.498344 12.995094
2021-03-26 17:00:00 13.882124 13.882124 12.916170
2021-03-25 17:00:00 14.278160 14.278160 12.790494
2021-03-24 17:00:00 11.453449 11.453449 12.717179
2021-03-23 17:00:00 12.014934 12.014934 12.690744
2021-03-22 17:00:00 17.319964 10.983717 12.608530
2021-03-21 17:00:00 13.677107 13.677107 12.537262

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 27.106227 27.106227 19.347650
2021-03-26 17:00:00 26.644463 15.154038 19.309276
2021-03-25 17:00:00 22.554890 22.554890 19.330439
2021-03-24 17:00:00 22.681452 22.681452 19.395425
2021-03-23 17:00:00 14.910026 14.910026 19.346978
2021-03-22 17:00:00 52.205882 8.647990 18.874423
2021-03-21 17:00:00 23.089431 23.089431 19.285466

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 43.103448 20.344828 17.152564
2021-03-26 17:00:00 18.095238 18.095238 17.496250
2021-03-25 17:00:00 20.748299 20.748299 17.498713
2021-03-24 17:00:00 21.472393 21.472393 17.597581
2021-03-23 17:00:00 7.425743 7.425743 17.220996
2021-03-22 17:00:00 39.694656 17.931034 17.585549
2021-03-21 17:00:00 11.666667 11.666667 17.703741

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-27 17:00:00 31.512003 31.512003 30.697338
2021-03-26 17:00:00 30.745524 30.745524 31.362653
2021-03-25 17:00:00 27.203625 27.203625 31.298478
2021-03-24 17:00:00 29.381295 29.381295 31.619243
2021-03-23 17:00:00 33.452442 33.452442 31.571330
2021-03-22 17:00:00 22.546541 43.691105 32.141346
2021-03-21 17:00:00 29.159772 29.159772 32.408440

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 20.689655 20.689655 18.392392
Basilicata 19.444444 23.050260 20.765184
Calabria 16.461439 16.461439 13.980641
Campania 14.332987 14.332987 14.399949
Emilia-Romagna 47.211819 47.211819 47.627084
Friuli Venezia Giulia 17.948718 17.948718 19.144721
Lazio 9.370507 9.370507 8.522786
Liguria 19.578090 19.578090 16.102908
Lombardia 36.180458 36.180458 34.186166
Marche 22.650376 22.650376 19.426881
Molise 11.191336 5.012126 5.637373
P.A. Bolzano 5.892857 5.892857 10.264247
P.A. Trento 54.020101 54.020101 54.959080
Piemonte 26.439318 26.439318 24.554223
Puglia 41.607957 41.607957 36.458500
Sardegna 12.424242 7.294372 7.407782
Sicilia 15.589420 15.589420 14.225317
Toscana 13.498344 13.498344 12.995094
Umbria 27.106227 27.106227 19.347650
Valle d'Aosta 43.103448 20.344828 17.152564
Veneto 31.512003 31.512003 30.697338

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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